Penghuni pertama pulau Bali diperkirakan datang pada
3000-2500 SM yang bermigrasi dari Asia Peninggalan peralatan batu dari masa
tersebut ditemukan di desa Cekik yang terletak di bagian barat pulau. Zaman
prasejarah kemudian berakhir dengan datangnya ajaran Hindu dan tulisan Bahasa
Sanskerta dari Indiapada 100 SM.
Kebudayaan Bali kemudian mendapat pengaruh kuat kebudayaan
India yang prosesnya semakin cepat setelah abad ke-1 Masehi. Nama Balidwipa
(pulau Bali) mulai ditemukan di berbagai prasasti, di antaranya Prasasti
Blanjong yang dikeluarkan oleh Sri Kesari Warmadewa pada 913 M dan menyebutkan
kataWalidwipa. Diperkirakan sekitar masa inilah sistem irigasi subak untuk
penanaman padi mulai dikembangkan. Beberapa tradisi keagamaan dan budaya juga
mulai berkembang pada masa itu. Kerajaan Majapahit (1293–1500 AD) yang beragama
Hindu dan berpusat di pulau Jawa, pernah mendirikan kerajaan bawahan di Bali
sekitar tahun 1343 M. Saat itu hampir seluruh nusantara beragama Hindu, namun
seiring datangnya Islam berdirilah kerajaan-kerajaan Islam di nusantara yang
antara lain menyebabkan keruntuhan Majapahit. Banyak bangsawan, pendeta, artis
dan masyarakat Hindu lainnya yang ketika itu menyingkir dari Pulau Jawa ke
Bali.
Orang Eropa yang pertama kali menemukan Bali ialah Cornelis
de Houtman dari Belanda pada 1597, meskipun sebuah kapal Portugis sebelumnya
pernah terdampar dekat tanjung Bukit, Jimbaran, pada 1585. Belanda lewat VOC
pun mulai melaksanakan penjajahannya di tanah Bali, akan tetapi terus mendapat
perlawanan sehingga sampai akhir kekuasaannya posisi mereka di Bali tidaklah
sekokoh posisi mereka di Jawa atau Maluku. Bermula dari wilayah utara Bali,
semenjak 1840-an kehadiran Belanda telah menjadi permanen yang awalnya dilakukan
dengan mengadu-domba berbagai penguasa Bali yang saling tidak mempercayai satu
sama lain. Belanda melakukan serangan besar lewat laut dan darat terhadap
daerah Sanur dan disusul dengan daerah Denpasar. Pihak Bali yang kalah dalam
jumlah maupun persenjataan tidak ingin mengalami malu karena menyerah, sehingga
menyebabkan terjadinya perang sampai mati atau puputan yang melibatkan seluruh
rakyat baik pria maupun wanita termasuk rajanya. Diperkirakan sebanyak 4.000
orang tewas dalam peristiwa tersebut, meskipun Belanda telah memerintahkan
mereka untuk menyerah. Selanjutnya, para gubernur Belanda yang memerintah hanya
sedikit saja memberikan pengaruhnya di pulau ini, sehingga pengendalian lokal
terhadap agama dan budaya umumnya tidak berubah.
Jepang menduduki Bali selama Perang Dunia II dan saat itu
seorang perwira militer bernama I Gusti Ngurah Rai membentuk pasukan Bali
'pejuang kemerdekaan'. Menyusul menyerahnya Jepang di Pasifik pada bulan
Agustus 1945, Belanda segera kembali ke Indonesia (termasuk Bali) untuk
menegakkan kembali pemerintahan kolonialnya layaknya keadaan sebelum perang.
Hal ini ditentang oleh pasukan perlawanan Bali yang saat itu menggunakan
senjata Jepang.
Pada 20 November 1945, pecahlah pertempuran Puputan
Margarana yang terjadi di desa Marga, Kabupaten Tabanan, Bali tengah. Kolonel I
Gusti Ngurah Rai yang berusia 29 tahun, memimpin tentaranya dari wilayah timur
Bali untuk melakukan serangan sampai mati pada pasukan Belanda yang bersenjata
lengkap. Seluruh anggota batalion Bali tersebut tewas semuanya dan
menjadikannya sebagai perlawanan militer Bali yang terakhir.
Pada tahun 1946 Belanda menjadikan Bali sebagai salah satu
dari 13 wilayah bagian dari Negara Indonesia Timur yang baru diproklamasikan,
yaitu sebagai salah satu negara saingan bagi Republik Indonesia yang
diproklamasikan dan dikepalai oleh Sukarno dan Hatta. Bali kemudian juga
dimasukkan ke dalam Republik Indonesia Serikat ketika Belanda mengakui
kemerdekaan Indonesia pada 29 Desember 1949. Tahun 1950, secara resmi Bali
meninggalkan perserikatannya dengan Belanda dan secara hukum menjadi sebuah
propinsi dari Republik Indonesia.
Letusan Gunung Agung yang terjadi di tahun 1963, sempat
mengguncangkan perekonomian rakyat dan menyebabkan banyak penduduk Bali
bertransmigrasi ke berbagai wilayah lain di Indonesia.
Tahun 1965, seiring dengan gagalnya kudeta oleh G30S
terhadap pemerintah nasional di Jakarta, di Bali dan banyak daerah lainnya
terjadilah penumpasan terhadap anggota dan simpatisan Partai Komunis Indonesia.
Di Bali, diperkirakan lebih dari 100.000 orang terbunuh atau hilang. Meskipun
demikian, kejadian-kejadian pada masa awal Orde Baru tersebut sampai dengan
saat ini belum berhasil diungkapkan secara hukum.
Serangan teroris telah terjadi pada 12 Oktober 2002, berupa
serangan Bom Bali 2002 di kawasan pariwisata Pantai Kuta, menyebabkan sebanyak
202 orang tewas dan 209 orang lainnya cedera. Serangan Bom Bali 2005 juga
terjadi tiga tahun kemudian di Kuta dan pantai Jimbaran. Kejadian-kejadian
tersebut mendapat liputan internasional yang luas karena sebagian besar
korbannya adalah wisatawan asing dan menyebabkan industri pariwisata Bali
menghadapi tantangan berat beberapa tahun terakhir ini.
